Aus gewissen Überlegungen uind Grundsätzen hat Descartes eine Methode gebildet, von der er glaubt, dass sie wahrhaft gut und wichtig ist. Zwar gibt er zu, wie sehr der Mensch sich in allem, was ihn selbst betrifft, irren kann, doch ist es gar nicht seine Absicht, zu belehren, sondern er will lediglich ersichtlich machen, auf welche Weise er seine Methode betreibt.

Descartes sah sich schon früh in Zweifel und Irrtümer verwickelt, und der Hauptnutzen des Unterrichts war es ihm, mehr und mehr seine Unwissenheit zu entdecken. Er schätzte die Schule, und sah ihren Wert darin, alle Wissenschaften kennengelernt und geprüft zu haben, auch die abergläubischsten und falschesten, denn so konnte er sich davor bewahren, von ihnen getäuscht zu werden.

Descartes beobachtete auch, dass diejenigen mit den ansprechendsten Einfällen nicht zwingend etwas von Rethorik verstehen müssten, und denjenigen, die sich am zierlichsten und anmutigsten auszudrücken wissen, nicht unbedingt die Dichtung vergangener Zeiten bekannt sein müsste. Zudem ist es nachteilhaft, sich zu sehr mit den vergangenen Jahrhunderten zu beschäftigen, denn für gewöhnlich bleibt man unwissend gegenüber dem, was gegenwärtig geschieht.

In der Philosophie scheint es keine Sache zu geben, über die keine Uneinigkeit herrscht. Da es viele verschiedene Meinungen gibt, die alle von irgendwelchen Gelehrten vertreten werden, doch nur eine wahr sein kann, so schien Descartes alles, was nur wahrscheinlich war, für nahezu falsch.

Descartes gab seine wissenschaftlichen Studien ganz auf, denn auf Reisen konnte er weit mehr an Wahrheit in den Überlegungen antreffen und Fehlurteile viel schneller aufdecken, als es ein Gelehrter in seinem Studierzimmer vermag, der sich mit Spekulationen beschäftigt, die keine Wirkung hervorbringen. Die Kenntnis von fremden Gebräuchen brachte ihn dazu, an nichts allzu fest zu glauben, was nur durch Beispiel und Herkommen überzeugt hatte. Erst aufgrund dieser Reisen vermochte Descartes auch in ihm selbst zu studieren und sich darüber klar zu werden, welchen Weg er für seine Zukunft wählen sollte.

Descartes hält sein Vorhaben für die meisten Menschen zu kühn, denn diejenigen, die sich für fähiger halten, als sie sind, werden sich niemals auf dem Pfad, den man einschlagen muss um richtig zu gehen, halten können und dadurch sehr verwirrt werden, und diejenigen, die zwar genügend Vernunft oder Bescheidenheit besitzen, aber weniger fähig sind, das Wahre vom Falschen zu unterscheiden, müssen sich damit begnügen, den Meinungen anderer zu folgen, da sie kaum imstande sind, selbst nach besseren zu suchen.

Durch ihre Prüfung fiel Descartes auf, dass die Logik vielmehr dazu diente, Dinge, die man weiß, anderen zu erklären oder ohne Urteil über das, was man nicht weiß, zu reden, anstatt es zu lernen. Die Geometrie übte den Verstand nur, während sie auch die Einbildungskraft ermüdete, und die Algebra schien eine verworrene und dunkle Kunst zu sein, die den Geist behinderte. Descartes wollte eine andere Methode finden, die die Vorteile jener drei beinhaltete, aber frei von deren Fehlern ist. Er legte darum vier Vorschriften fest:

1. Niemals soll eine Sache als wahr akzeptiert werden, die nicht evidentermaßen als solche erkannt werden kann.
2. Jede Schwierigkeit soll in so viele Teile zerlegt werden, wie es möglich und erforderlich ist, um sie leichter zu lösen.
3. Die Gedanken sollen dadurch in Ordnung geführt werden, indem mit dem einfachsten und am leichtesten zu erkennenden Dingen begonnen wird, um nach und nach bis zu der Erkenntnis der am meisten zusammengesetzen aufzusteigen.
4. Überall sollen möglichst vollständige Aufzählungen und allgemeine Übersichten hergestellt werden und nichts weggelassen werden.

Viele Einzelwissenschaften stimmen, obwohl ihre Gegenstände verschieden sind, darin überein, dass sie nichts anderes Betrachten als die unterschiedlichen Beziehungen und Verhältnisse. Daher ist es besser, die Verhältnisse im Allgemeinen zu untersuchen und als ihre Träger nur solche vorauszusetzen, welche die Erkenntnis erleichtern können.

Diese Methode ermöglichte es Descartes, in vielen schwierigen Fragen zum Ziel zu kommen, und bei denen, wo er sie nicht genau löste, er zumindest bestimmen konnte, mit welchen Mitteln und bis zu welchem Punkt eine Lösung möglich sei. Die Methode stellte sicher, dass in allem von der Vernunft gebrauch gemacht wurde.

1. Er will beharrlich an den Sitten seines Vaterlandes und der ihm beigebrachten Religion festhalten, maßvoll sein und sich nach den Meinungen der Besonnenen richten.
2. Er will in seinen Handlungen fest und entschlossen sein, und auch den zweifelhaftesten Meinungen, sobald er sich für sie entschieden hat, nicht weniger beharrlich folgen, als wenn sie gnaz gesichert seien.
3. Er will sich darum bemühen, er sich selbst zu besiegen als das Schicksal, eher seine Wünsche als die Orndung der Welt verändern und für die Zukunft nichts verlangen, was er nicht erreichen kann.
4. Er will eine Prüfung der verschiedenen Beschäftigungen, die die Menschen in diesem Leben haben, anstellen, um aus diesen die beste auszuwählen. (Diese ergab, dass er nichts besseres tun könne als mit der bisherigen Tätigkeit fortzufahren.)

Aller restlichen Meinungen will sich Descartes entledigen.

Nichts scheint ihm wahrer, als die Illusion seiner Träume - doch hieran merkt Descartes, dass er auf keine Weise denken konnte, dass in dem Moment, wo er dies dachte, nichts sei. So ist eine Wahrheit gewiss "Ich denke, also bin ich." Diesen Satz macht Descartes zum ersten Prinzip der Philosophie.

Desweiteren lässt sich zwar vorstellen, keinen Körper zu haben, dass es keine Welt gäbe und keinen Ort, an dem man sich befindet, aber es lässt sich nicht denken, selbst nicht zu sein. Descartes erkennt hieraus, dass er eine Substanz sei, deren ganzes Wesen nur im Denken besteht und die, um zu sein, keinen Ort benötigt. Dieses Wesen ist gänzlich vom Körper unterschieden.

"Ich denke also bin ich" wurde klar und deultich erkannt. Die Dinge, die man sehr klar und deutlich begreift, sind alle wahr, doch es besteht die Schwierigkeit, zu merken, welche Dinge das sind, die wir klar und deutlich begreifen.

Der Zweifel, den Descartes übt, zeigt ihm, dass er kein vollkommenes Wesen ist.

Wenn Gedanken über die Dinge wahr wären, so müssen sie in Abhängigkeit zur menschlichen Natur sein, dagegen wenn sie falsch wären, in der meschlichen Natur ein Mangel vorliegt. Da das Vollkommenere nicht aus dem weniger Vollkommenen hervorgehen kann, können die Gedanken von vollkommenen Dingen nicht von ihm selbst stammen, sondern müssen von einem vokkommenen Wesen (nämlich Gott) in ihn hineingelegt worden sein.

Descartes kann nicht leugnen, dass Vorstellungen in seinem Denken vorhanden sind, unabhängig davon, ob sie geträumt oder bildlich vorgestellt sind. Diese Vorstellungen sollen körperliche Dinge darstellen, und, unabhängig, ob diese wirklich existieren oder nicht, setzen diese eine körperliche Natur (im gegensatz zur denkenden Natur) voraus. Diese Naturen sind von einander unterschieden, aber doch voneinander abhängig, und darin sieht Descartes einen Mangel. Gott kann aufgrund seiner Vollkommenheit nicht aus diesen beiden Naturen zusammengesetzt sein.

Die körperliche Natur ist durch die Ausdehnung im Raum, also Länge, Breite, Höhe bestimmt. Die Geometrie hat es mit Gegenständen im Raum zu tun, doch kann sie nicht beweisen, dass die Gegenstände, von denen sie handelt (Dreiecke, etc.) überhaupt existieren. In der Vorstellung des vollkommenen Wesens ist die Existenz allerdings schon inbegriffen. Die Existenz Gottes und die der eigenen Seele sind daher viel gewisser als aller körperlichen Dinge.

Vorstellungen und Begriffe, die wahre Gegenstände bezeichnen sind, können, sofern sie von Gott kommen und klar und deutlich sind, nur wahr sein. Falschheit und Unvollkommenheit können nicht von Gott herrühren, denn das wäre genauso widerspruchsvoll wie wenn Wahrheit und Vollkommenheit vom Nichts herrührten. Alle unsere Vorstellungen oder Begriffe müssen irgendeine Grundlage in der Wahrheit haben, sonst hätte Gott (der selbst wahrhaftig ist) sie nicht in uns legen können. Die Vernunft sagt uns aber auch, dass nicht alle unsere Gedanken wahr sein können, dass aber diejenigen, die wir im Wachen haben, eher wahr sind, als diejenigen unserer Träume.

Den Körper der Menschen hat Gott zunächst erschaffen, ohne ihm eine empfindende Seele einzupflanzen (Feuer ohne Licht). Denn dieser Körper ist wie der Tierkörper eine Maschine, die ohne Seele funktioniert (dies legt Descartes am Beispiel des Blutkreislaufs dar). Gott hat erst dann die vernünftige Seele geschaffen und sie auf eine bestimmte Weise mit dem Körper verbunden. Körperfunktionen finden auch dann noch statt, wenn die Körper nicht mehr beseelt sind. Der menschliche Körper, durch die Hände Gottes hergestellt, muss unvergleichlich besser konstruiert sein, als jeder von den Menschen konstruierte Automat.

Dass Tiere keine Seele haben, ist schon daraus zu ersehen, dass sie Worte oder Zeichen nicht zu Sätzen zusammensetzen können und somit keine Gedanken darlegen. Zwar können sie schreien, sobald man ihnen Leid zufügt, doch dieser Vorgang ist analog zum Umlegen eines Hebels. Tiere handeln nicht durch Erkenntnis, sondern gemäß der Disposition ihrer Organe. Bei den Menschen liegt die Sache anders, denn selbst der stumpfsinnigste und dümmste Mensch ist in der Lage, Worte in Sätzen zusammenzustellen und darin ihre Gedanken verständlich zu machen. Tiere haben daher nicht weniger Vernunft als die Menschen, sondern gar keine. Daraus, das manchen Tiere Fähigkeiten haben, in denen sie die Menschen übertreffen, darf man nicht folgern, dass sie Geist besitzen, denn auch eine Uhr kann die Stunden genauer zählen als die Menschen mit ihrer Klugheit.

Die Seele ist nicht dem Sterben des Körpers unterworfen. Descartes kennt keine Ursache, die sie zerstören könnte und glaubt daher, dass sie unsterblich ist.

Der Bereich des in der Natur Möglichen ist so unermesslich und die von Descartes zugrundegelegten Prinzipien so einfach und allgemein, dass alle ihm bekannten Wirkungen auf mehrere verschiedene Weisen aus den Prinzipien abgeleitet werden können. Die Schwierigkeit, mit der sich Descartes für gewöhnlich konfrontiert sah, war die, herauszufinden, auf welche Weise die Wirkungen von den Prinzipien abhingen.

Der Fortschritt in der Naturerkenntnis hängt in der Hauptsache davon ab, wielviele Möglichkeiten bestehen, Beobachtung anzustellen.